Do pôsobnosti Rady pre mediálne služby patrí aj riešenie cezhraničných sporov a cezhraničná spolupráca, definované v zákone o mediálnych službách v § 154 až § 156. Rada môže, v súlade so záväzkami z medzinárodných zmlúv, ktorými je Slovenská republika viazaná, pozastaviť retransmisiu takej televíznej programovej služby alebo poskytovanie audiovizuálnej mediálnej služby na požiadanie, ktorej obsah ohrozuje vývin maloletých, podnecuje k násiliu alebo nenávisti, ohrozuje verejné zdravie alebo ohrozuje verejnú a národnú bezpečnosť.
Rada zašle členskému štátu, pod ktorého právomoc spadá vysielateľ alebo poskytovateľ audiovizuálnej mediálnej služby na požiadanie, odôvodnenú žiadosť s cieľom vyriešiť problémy vyplývajúce z poskytovania takejto služby. Rada pravidelne informuje členský štát o opatreniach prijatých na riešenie zistených problémov a do dvoch mesiacov od doručenia žiadosti informuje členský štát a Komisiu o výsledku jej vybavenia a v prípade, že nie je možné nájsť riešenie, vysvetlí dôvody.
Pri cezhraničných sporoch vydáva Rada všeobecne záväzný právny predpis, ktorý ustanoví zoznam obsahových služieb, ktorých vysielanie, retransmisiu alebo poskytovanie regulátor pozastavil.